Fakultas Teknik Universitas Samudra berdiri sejak tahun 1991. Pada awalnya, Fakultas Teknik hanya terdiri dari tiga program studi yaitu Teknik Sipil, Teknik Mesin, dan Teknik Industri. Setelah perubahan status universitas dari swasta menjadi negeri pada tahun 2013, Fakultas Teknik Universitas Samudra berkembang menjadi delapan Prodi. Ada tambahan lima program studi yaitu Prodi Informatika, Biologi, matematika, kimia dan fisika. Fakultas Teknik Universitas Samudra mengembangkan diri mengarah pada Teknologi Pesisir, pengembangan material komposit yang tahan korosi, pembangkit energi, energi baru terbarukan, bangunan, dan konstruksi daerah pesisir, green building, dan pengembangan produksi hasil laut. Selanjutnya yang menjadi fokus kajian di Fakultas teknik yaitu jaringan komputer, rekayasa perangkat lunak, multimedia, sistem cerdas, statistika dan pemodelan, nano pertikel, fisika instrumen, fisika bumi, botani, zoologi, mikrobiologi dan ekologi, kimia organik, kimia unorganik, kimia analitik, kimia fisik dengan bio kimia.